もともと胃内視鏡は経口で行うものが主流でしたが、経鼻内視鏡の技術革新も進み、画像の鮮明さなども同等になっています。しかし、経鼻の場合、腫瘍を切除したり、潰瘍の出血を止めるといった処置を行うことはできません。従って、内視鏡による治療を行う場合は経口内視鏡となっています。
そうはいっても検査時の苦痛の1つである、下の付け根に触れた時の「おえっ」とする反射が、経鼻の場合はほぼ起こらないことは、検査への抵抗感を軽減してくれます。また、口を塞がれないので、検査中に医師との会話も可能です。
定期的な内視鏡検査で病変の有無を確認するという点から考えると、経鼻内視鏡は苦痛がなく、受け入れやすい検査であると考えます。
経鼻内視鏡は、局所麻酔を減らせるため、体の負担も少なく行えますが、鼻腔が狭い人はスコープが通らないため、経口内視鏡で行う必要があります。